Desde el año 1589 los restos del Apóstol y sus dos discípulos permanecieron ocultos, para evitar que fueran profanados por los corsarios Drake y Norris, que llegaron a Santiago con el propósito de saquear la ciudad; con el paso de los siglos se había perdido la noción de su paradero, hasta el punto de llegarse a dudar de la existencia de las reliquias.
Aparecieron los restos, no en la cripta sino próximos a ella y detrás del altar mayor. Los trabajos de readaptación de la cripta se prolongaron hasta el año 1891, que fue el momento en que se abrió de nuevo al público.
Las excavaciones se iniciaron rodeadas de secreto, sin desvelar el verdadero objetivo de las obras que están a la vista, bajo el altar mayor, lugar en el que se creía estaría ubicada la cripta o edículo de la época romana en la que habría sido colocado el sepulcro. El resultado fue negativo, pues sólo se encontraron “el basamento y los muros del edículo, cubiertos por escombros”, es decir, la estructura aparente del enterramiento inicial, de ocho metros de fondo y muros de granito.
La siguiente excavación se realiza en la capilla existente tras el altar mayor, en el ábside, conocida con el nombre de trasagario.
“En la noche del 28 al 29 de enero de 1879, tras levantar el pavimento, apareció un nicho de piedra que contenía restos humanos… a una profundidad de poco más de un metro, en un nicho de 99 cm. de largo, 33 de ancho y 30 de profundidad. El fondo lo formaban roca viva y tierra y se cubría con una loseta de piedra, que, al levantarla, dejó ver un osario. Los huesos, que parecían haber sido víctimas del descuido y estaban afectados por las malas condiciones del lugar, estaban quebrados en múltiples fragmentos.”
Tras el hallazgo, los restos del Apóstol y de sus discípulos fueron colocados en la urna de plata que actualmente preside la cripta ubicada bajo el altar mayor, lugar en el que, según se cree, estuvo el sepulcro primitivo descubierto a principios del siglo IX, lugar al que descienden fieles y peregrinos para honrar los restos de Santiago. Interiormente la urna tiene tres compartimentos, cada uno destinado a los restos del Apóstol, de Teodoro y de Atanasio.
La colocación de la urna en la ubicación indicada tuvo lugar en 1886, Año Santo, tras unas sencillas obras de acondicionamiento.
El arzobispo Miguel Payá emitió un decreto el 12 de marzo de 1883, en el que afirmaba “vere et realiter”, que los restos encontrados eran los del Apóstol Santiago y sus dos discípulos.
El Papa León XIII, antes de pronunciarse sobre el hallazgo, ordenó la creación de una comisión para analizar si los restos aparecidos correspondían al Apóstol. El 2 de noviembre del año 1884, tras un largo proceso de investigación llevado a cabo por especialistas, León XIII publicaba la bula Deus Omnipotens, en la que confirmaba la identidad de los cuerpos de Santiago y de sus discípulos Atanasio y Teodoro.
A partir de este momento, las peregrinaciones empiezan a recuperar popularidad entre los católicos de todo el mundo y florecieron durante el primer tercio del siglo XX las procedentes de Inglaterra e Irlanda.
